细菌全基因组检测，是指通过基因组测序和组装获得细菌全基因组序列，并对其进行结构和功能研究的方法!依据研究目标所需精细程度的不同，我们提供了细菌扫描图和完成图两种不同的解决方案.全基因组测序的优略：1，包含微生物的全部遗传信息，相比16S除了分类信息外还有更多的基因信息.2，功能基因研究可以找到特定环境下富集的功能基因！缺点：1，相对靶基因来讲，测序深度低，冗余信息多2，成本高，计算机的要求高，数据分析难度高实验方法：检测平台：二代高通量测序平台，三代高通量测序平台目前的三大数据库：Silva（v119）、RDP、GreenGene!

　　质谱仪的分辨率同样十分重要，高分辨质谱仪可给出化合物的组成式，对于未知物定性至关重要.因此，在进行质谱分析前，要根据样品状况和分析要求选择合适的质谱仪。目前，有机质谱仪主要有两大类：气相色谱-质谱联用仪与液相色谱-质谱联用仪，现就这两类仪器的分析方法叙述如下：GC-MS分析条件的选择在GC-MS分析中，色谱的分离与质谱数据的采集同时进行，为了使每个组分都得到分离和鉴定，必须设备合适的色谱和质谱分析条件：色谱条件包括色谱柱类型（填充柱或毛细管柱），固定液种类，汽化温度，载气流量，分流比，温升程序等！

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　　送样时请尽量使用冰盒（泡沫盒+干冰+冰袋），以保证运输过程中的低温条件（干冰的挥发消耗量约为3公斤/天）！在打包时先放入足量的干冰，之后用冰袋填充泡沫盒中间的空隙，为了保持冰盒中的低温环境，建议采用厚一点的泡沫盒.取样建议：纯菌株，提供平板或者15ml菌液宏基因组是指特定环境中全部微生物遗传物质的总和！宏基因组测序以特定环境中的整个微生物群落作为研究的对象，不需对微生物进行分离培养，而是提取环境微生物总DNA进行研究！

　　实验室检测主要是通过抽取眼内液进行检测，流程很简单！在做眼内液穿刺前，大夫会先给患者用一些抗生素类眼药水，每半小时滴一次，4~5次之后进行表面局麻。局麻也是通过滴眼药水的方式进行的，每五分钟一次，一般滴三次就够了.医生在显微镜下进行眼球穿刺抽取眼内液，大约0.1毫升即可!抽取后嘱咐患者还要用抗生素眼药水频繁滴眼，每半小时滴一次，一般持续到当天晚上就可以停药了！眼内液的实验室检测，标本，一是眼球的前房水，就是角膜和虹膜之间的液体；第二是抽取玻璃体液。

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　　并且计算机可以自动将每个质谱的所有离子强度相加!显示出总离子强度，总离子强度随时间变化的曲线就是总离子色谱图，总离子色谱图的形状和普通的色谱图是相一致的，它可以认为是是用质谱作为检测器得到的色谱图.质谱仪扫描方式有两种：全扫描与选择离子扫描全扫描是对指定质量范围内的离子全部扫描并记录,得到的是正常的质谱图,这种质谱图可以提供未知物的分子量和结构信息。可以进行库检索.质谱仪还有另外一种扫描方式叫选择离子监测（SelectionMoniringSIM）.

　　也就是说，在每次扫描中，有1/5秒时间是在接收某一质量的离子！因此，采用选择离子扫描方式比正常扫描方式灵敏度可提高大约100倍！由于，选择离子扫描只能检测有限的几个离子，不能得到完整的质谱图，因此，不能用来进行未知物定性分析，但是，如果选定的离子具有很好的特征性，也可以用来表示某种化合物的存在.选择离子扫描方式主要的用途是定量分析，由于它的选择性好，可以把由全扫描方式得到的非常复杂的总离子色谱图变得十分简单.

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　　其摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制，在基因组水平解释微生物群体的多样性和丰度，探索微生物与环境及宿主之间的关系.目前，第二代高通量测序技术在宏基因组的研究上已被广泛应用！第二代高通量测序平台具有通量高、准确性高、速度快、信息全等特点，加快了宏基因组测序在鉴定低丰度的微生物群落，挖掘更多基因资源方面的应用！质谱仪种类很多，不同类型的质谱仪主要差别在于离子源.离子源的不同决定了对被测样品的不同要求，同时，所得信息也不同。

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