作用效果不稳定微生物肥料的应用效果受很多因素影响，除肥料本身的活性菌种类、含量、纯度等内在因素外，环境条件也是影响肥料效果的重要因素，如底物浓度、温度、湿度、土壤pH值等，导致很多微生物肥料的使用效果与预期相差很多，并且地块间，年度间的差别很大.║微生物肥料的分类我国微生物肥料种类繁多，截至目前还没有一套完整统一的分类系统，根据分类的标准不同，有如下几种分类方法：按作用机理分类狭义的微生物肥料：指通过微生物的生命活动增加植物营养元素的活性和供应量，进而增加产量，即含有肥料特性的微生物制剂，这类产品虽不具有养分，但却有肥料的功能！

　　90年代，刘荣昌等研发出以“环状芽孢杆菌”为有效菌的“生物钾肥”，许景钢研发出“土壤磷素活化剂”!这一时期出现的微生物肥料的特点是成分为单一的营养菌，主要通过利用微生物特性来提高土壤中主要营养元素的含量和有效性！║效果VS问题微生物肥料应用效果增加作物产量：王素英等人在2003年的统计结果表明各类微生物肥料的增产幅度在10%左右，其中以复合微生物肥料增产效果明显，达到20%以上.吕彦彬等人在2009年的研究结果表明：单独施用微生物肥料没有配施有机肥或化肥对马铃薯的增产效果明显，同时说明微生物肥料在作物增产中只起到辅助作用，不能代替有机肥和化肥而单独使用.

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　　减轻病虫药害张伟卫等人在2013年的试验结果表明微生物肥料对大田棉花枯萎病和茄子黄萎病均具有稳定的控制作用，病情指数分别降至32和25。烟草微生物肥料能减轻烟草病毒病害、促进烟草的生长，降低杂气和刺激性!荆瑞勇等在2009年的研究结果表明微生物肥料能有效减轻土壤中残留除草剂对作物的药害!改善土壤结构长期施用微生物肥料，能够恢复土壤团粒结构的形成，起到疏松土壤、消除土壤板结、改善土壤结构的作用。据报道，在北方寒地黑土上连续3年施用土壤磷素活化剂，土壤容重下降0。

　　1895年由德国科学家Noble研发出世界上早的微生物肥料“Nitragin”根瘤菌接种剂专利产品，从此微生物肥料逐渐进入人们的视线。目前，西方发达国家微生物肥料的使用率已占到其国家肥料使用量的20%以上.国内▼20世纪30年代我国对微生物肥料研究刚刚起步，张宪武率先对大豆根瘤菌接种技术进行研究，他从我国东北各地土壤样本中分离到130个固氮菌菌株并推广150万公顷，使当时大豆平均增产10%以上！70~80年代开始了对丛枝菌根的部分真菌与植物根形成的共生体系的研究！

　　广义的微生物肥料：该种微生物肥料略有或没有养分供应功能，但却有其他功效，如刺激植物生长或拮抗某些病原微生物的致病作用，降解有害污染物等，这类微生物肥料更应该称为“微生物制剂”而不是肥料，但现都统称为微生物肥料，在农业部统一登记备案.║按微生物种类划分细菌肥料：如固氮细菌肥料、溶磷细菌肥料、解钾细菌肥料!真菌肥料：该类肥料包括外生菌根菌剂和内生菌根菌剂两种类型，如丛枝菌根、菌根菌剂、兰科菌根菌剂！放线菌肥料：如抗生素菌肥;藻类肥料：如固氮蓝藻等。

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　　1~0.3，疏松土壤效果非常显著!也有研究表明施入微生物菌肥后，由于微生物大量繁殖，促进了土壤中有机质的释放，改善了土壤的理化性质，增加了土壤团粒，改善了土壤结构。║微生物肥料存在的问题配套体系不够完善目前，我国还没有形成有利于微生物肥料应用的农业施肥、推广和监管体系！在发达国家大豆接种根瘤菌已成为常规耕作措施，而我国东北大豆根瘤菌的接种率却不到10%.玉米、水稻等大田作物化肥施用量过度，微生物肥料、有机肥料施用很少，短期行为普遍，推广力度和政策支持明显不足.

　　复合微生物肥料：即多种微生物通过一定比例混合在一起所形成的微生物制剂。微生物+有机肥=生物有机肥微生物+化肥=生物复混肥微生物+有机肥+化肥=生物有机无机复合(复混)肥║农业部登记的微生物肥料种类目前农业部登记的微生物肥料产品共有：9个菌剂类品种：根瘤菌剂、固氮菌剂、溶磷菌剂、硅酸盐菌剂、菌根菌剂、光合菌剂、有机物料腐熟剂、复合菌剂和土壤修复菌剂.2个菌肥类品种：复合生物肥料和生物有机肥料。在剂型上分为液体和固体，固体又分为粉末和颗粒等.