作用效果不稳定微生物肥料的应用效果受很多因素影响，除肥料本身的活性菌种类、含量、纯度等内在因素外，环境条件也是影响肥料效果的重要因素，如底物浓度、温度、湿度、土壤pH值等，导致很多微生物肥料的使用效果与预期相差很多，并且地块间，年度间的差别很大.║微生物肥料的分类我国微生物肥料种类繁多，截至目前还没有一套完整统一的分类系统，根据分类的标准不同，有如下几种分类方法：按作用机理分类狭义的微生物肥料：指通过微生物的生命活动增加植物营养元素的活性和供应量，进而增加产量，即含有肥料特性的微生物制剂，这类产品虽不具有养分，但却有肥料的功能！

　　复合微生物肥料：即多种微生物通过一定比例混合在一起所形成的微生物制剂.微生物+有机肥=生物有机肥微生物+化肥=生物复混肥微生物+有机肥+化肥=生物有机无机复合(复混)肥║农业部登记的微生物肥料种类目前农业部登记的微生物肥料产品共有：9个菌剂类品种：根瘤菌剂、固氮菌剂、溶磷菌剂、硅酸盐菌剂、菌根菌剂、光合菌剂、有机物料腐熟剂、复合菌剂和土壤修复菌剂!2个菌肥类品种：复合生物肥料和生物有机肥料。在剂型上分为液体和固体，固体又分为粉末和颗粒等!

　　广义的微生物肥料：该种微生物肥料略有或没有养分供应功能，但却有其他功效，如刺激植物生长或拮抗某些病原微生物的致病作用，降解有害污染物等，这类微生物肥料更应该称为“微生物制剂”而不是肥料，但现都统称为微生物肥料，在农业部统一登记备案！║按微生物种类划分细菌肥料：如固氮细菌肥料、溶磷细菌肥料、解钾细菌肥料!真菌肥料：该类肥料包括外生菌根菌剂和内生菌根菌剂两种类型，如丛枝菌根、菌根菌剂、兰科菌根菌剂。放线菌肥料：如抗生素菌肥;藻类肥料：如固氮蓝藻等。

　　改善作物品质微生物肥料能改善作物品质已是不争的事实.某些微生物肥料即使没有明显的增产作用，但仍然能改善作物品质.施用微生物肥料能够在明显提高蔬菜含糖量和维生素C含量的同时降低蔬菜的硝酸盐含量。微生物肥料对水果品质的影响也比较明显！刘利军等人在2007年的研究中表明：在使用微生物肥料后，砀山酥梨叶片氮含量显著降低，微量元素含量、糖酸比、含糖量和Vc含量等明显增加，并证明了果实的品质、耐贮性和梨果的等级均显著提高.

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　　90年代，刘荣昌等研发出以“环状芽孢杆菌”为有效菌的“生物钾肥”，许景钢研发出“土壤磷素活化剂”！这一时期出现的微生物肥料的特点是成分为单一的营养菌，主要通过利用微生物特性来提高土壤中主要营养元素的含量和有效性.║效果VS问题微生物肥料应用效果增加作物产量：王素英等人在2003年的统计结果表明各类微生物肥料的增产幅度在10%左右，其中以复合微生物肥料增产效果明显，达到20%以上!吕彦彬等人在2009年的研究结果表明：单独施用微生物肥料没有配施有机肥或化肥对马铃薯的增产效果明显，同时说明微生物肥料在作物增产中只起到辅助作用，不能代替有机肥和化肥而单独使用！

　　║按功能不同分类根据功能不同又可分为：溶磷微生物肥料、解钾微生物肥料、有机质分解微生物肥料等，如豆科植物接种剂和土壤磷素活化剂等.同一类功能的微生物肥料也可以是不同微生物种类的肥料，如溶磷菌肥，既可以是细菌肥料也可以是真菌肥料，因为同一微生物具有不同功能、或不同微生物具有相同功能的现象在微生物肥料界非常普遍。║按含有微生物种类的多少划分分为单一微生物或复合微生物肥料等！单一微生物肥料：只含有一种微生物作用的肥料！