广义的微生物肥料：该种微生物肥料略有或没有养分供应功能，但却有其他功效，如刺激植物生长或拮抗某些病原微生物的致病作用，降解有害污染物等，这类微生物肥料更应该称为“微生物制剂”而不是肥料，但现都统称为微生物肥料，在农业部统一登记备案.║按微生物种类划分细菌肥料：如固氮细菌肥料、溶磷细菌肥料、解钾细菌肥料。真菌肥料：该类肥料包括外生菌根菌剂和内生菌根菌剂两种类型，如丛枝菌根、菌根菌剂、兰科菌根菌剂.放线菌肥料：如抗生素菌肥;藻类肥料：如固氮蓝藻等.

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　　1~0。3，疏松土壤效果非常显著。也有研究表明施入微生物菌肥后，由于微生物大量繁殖，促进了土壤中有机质的释放，改善了土壤的理化性质，增加了土壤团粒，改善了土壤结构!║微生物肥料存在的问题配套体系不够完善目前，我国还没有形成有利于微生物肥料应用的农业施肥、推广和监管体系.在发达国家大豆接种根瘤菌已成为常规耕作措施，而我国东北大豆根瘤菌的接种率却不到10%!玉米、水稻等大田作物化肥施用量过度，微生物肥料、有机肥料施用很少，短期行为普遍，推广力度和政策支持明显不足。

　　同时微生物肥料市场鱼目混杂，国家在该类肥料的质量监管上还没有形成完善的规章制度和产品标准!菌种纯度不高、针对性不强微生物肥料具有生态适应性，施用时应依据当地生态状况、作物品种、土壤类型和耕作方式等确定具体施用方式和施用量，有针对性地筛选出高适应的功能菌种，以达到较佳的作用效果!但是绝大多数微生物肥料企业还在使用分离筛选及传统育种等相对滞后的菌种选育技术，造成微生物肥料地域针对性不强，适应性较差，个别企业甚至提纯复壮做的都很不到位，导致菌种纯度下降、活性衰减、田间效果不稳定或迅速下降.

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　　║按功能不同分类根据功能不同又可分为：溶磷微生物肥料、解钾微生物肥料、有机质分解微生物肥料等，如豆科植物接种剂和土壤磷素活化剂等!同一类功能的微生物肥料也可以是不同微生物种类的肥料，如溶磷菌肥，既可以是细菌肥料也可以是真菌肥料，因为同一微生物具有不同功能、或不同微生物具有相同功能的现象在微生物肥料界非常普遍。║按含有微生物种类的多少划分分为单一微生物或复合微生物肥料等。单一微生物肥料：只含有一种微生物作用的肥料.

　　减轻病虫药害张伟卫等人在2013年的试验结果表明微生物肥料对大田棉花枯萎病和茄子黄萎病均具有稳定的控制作用，病情指数分别降至32和25!烟草微生物肥料能减轻烟草病毒病害、促进烟草的生长，降低杂气和刺激性。荆瑞勇等在2009年的研究结果表明微生物肥料能有效减轻土壤中残留除草剂对作物的药害。改善土壤结构长期施用微生物肥料，能够恢复土壤团粒结构的形成，起到疏松土壤、消除土壤板结、改善土壤结构的作用.据报道，在北方寒地黑土上连续3年施用土壤磷素活化剂，土壤容重下降0。