减轻病虫药害张伟卫等人在2013年的试验结果表明微生物肥料对大田棉花枯萎病和茄子黄萎病均具有稳定的控制作用，病情指数分别降至32和2烟草微生物肥料能减轻烟草病毒病害、促进烟草的生长，降低杂气和刺激性!荆瑞勇等在2009年的研究结果表明微生物肥料能有效减轻土壤中残留除草剂对作物的药害！改善土壤结构长期施用微生物肥料，能够恢复土壤团粒结构的形成，起到疏松土壤、消除土壤板结、改善土壤结构的作用.据报道，在北方寒地黑土上连续3年施用土壤磷素活化剂，土壤容重下降0!

　　90年代，刘荣昌等研发出以“环状芽孢杆菌”为有效菌的“生物钾肥”，许景钢研发出“土壤磷素活化剂”。这一时期出现的微生物肥料的特点是成分为单一的营养菌，主要通过利用微生物特性来提高土壤中主要营养元素的含量和有效性!║效果VS问题微生物肥料应用效果增加作物产量：王素英等人在2003年的统计结果表明各类微生物肥料的增产幅度在10%左右，其中以复合微生物肥料增产效果明显，达到20%以上！吕彦彬等人在2009年的研究结果表明：单独施用微生物肥料没有配施有机肥或化肥对马铃薯的增产效果明显，同时说明微生物肥料在作物增产中只起到辅助作用，不能代替有机肥和化肥而单独使用！

　　同时微生物肥料市场鱼目混杂，国家在该类肥料的质量监管上还没有形成完善的规章制度和产品标准!菌种纯度不高、针对性不强微生物肥料具有生态适应性，施用时应依据当地生态状况、作物品种、土壤类型和耕作方式等确定具体施用方式和施用量，有针对性地筛选出高适应的功能菌种，以达到较佳的作用效果!但是绝大多数微生物肥料企业还在使用分离筛选及传统育种等相对滞后的菌种选育技术，造成微生物肥料地域针对性不强，适应性较差，个别企业甚至提纯复壮做的都很不到位，导致菌种纯度下降、活性衰减、田间效果不稳定或迅速下降！

　　║按功能不同分类根据功能不同又可分为：溶磷微生物肥料、解钾微生物肥料、有机质分解微生物肥料等，如豆科植物接种剂和土壤磷素活化剂等!同一类功能的微生物肥料也可以是不同微生物种类的肥料，如溶磷菌肥，既可以是细菌肥料也可以是真菌肥料，因为同一微生物具有不同功能、或不同微生物具有相同功能的现象在微生物肥料界非常普遍！║按含有微生物种类的多少划分分为单一微生物或复合微生物肥料等!单一微生物肥料：只含有一种微生物作用的肥料。

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　　改善作物品质微生物肥料能改善作物品质已是不争的事实。某些微生物肥料即使没有明显的增产作用，但仍然能改善作物品质.施用微生物肥料能够在明显提高蔬菜含糖量和维生素C含量的同时降低蔬菜的硝酸盐含量!微生物肥料对水果品质的影响也比较明显。刘利军等人在2007年的研究中表明：在使用微生物肥料后，砀山酥梨叶片氮含量显著降低，微量元素含量、糖酸比、含糖量和Vc含量等明显增加，并证明了果实的品质、耐贮性和梨果的等级均显著提高!

　　广义的微生物肥料：该种微生物肥料略有或没有养分供应功能，但却有其他功效，如刺激植物生长或拮抗某些病原微生物的致病作用，降解有害污染物等，这类微生物肥料更应该称为“微生物制剂”而不是肥料，但现都统称为微生物肥料，在农业部统一登记备案！║按微生物种类划分细菌肥料：如固氮细菌肥料、溶磷细菌肥料、解钾细菌肥料!真菌肥料：该类肥料包括外生菌根菌剂和内生菌根菌剂两种类型，如丛枝菌根、菌根菌剂、兰科菌根菌剂。放线菌肥料：如抗生素菌肥;藻类肥料：如固氮蓝藻等。