采用微波杀菌可以在包装前进行，也可以在包装好以后进行。包装好的食品在进行微波加热杀菌时，由于袋内压力过高会胀破包装袋，因此整个微波加热杀菌过程应在压力下进行，或将包装置于加压的玻璃容器中进行处理。变色问题在对榨菜等产品微波杀菌时还发现榨菜产品变色问题！优点时间短、速度快常规热力杀菌是通过热传导，对流或辐射等方式将热量从食品表面传至内部.要达到杀菌温度，往往需要较长时间。微波杀菌是微波能与食品及其细菌等微生物直接相互作用，热效应与非热效应共同作用，达到快速升温杀菌作用，处理时间大大缩短，各种物料的杀菌作用一般在3-5分钟!

　　微波热效应是微波与物料直接相互作用，将超高频电磁波转化为热能的过程!微波杀菌是微波热效应和生物效应共同作用的结果!微波对细菌膜断面的电位分布影响细胞膜周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，生长发育受阻碍死亡.从生化角度来看，细菌正常生长和繁殖的核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA）是由若干氢键紧密连接而成的卷曲大分子，微波导致氢键松弛、断裂和重组，从而诱发遗传基因或染色体畸变，甚至断裂。

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　　微波杀菌食品在生产、保存、运输和销售过程中极易污染变质。通常可以采用高温、干燥、烫漂、巴氏灭菌、冷冻以及防腐剂等常规技术来实现对食品的杀虫灭菌与保鲜，但往往影响食品的原有风味和营养成分.而微波杀虫灭菌是使食品中的微生物，同时受到微波热效应与非热效应的共同作用，使其体内蛋白质和生理活动物质发生变异，而导致微生物体生长发育延缓和死亡，达到食品灭菌、保鲜的目的!定义微波是频率从300MHz~300GHz的电磁波.

　　微波杀菌正是利用电磁场效应和生物效应起到对微生物的杀灭作用!实践证明采用微波装置在杀菌温度、杀菌时间、产品品质保持、产品保质期及节能方面都有明显的优势。原理微波能的热效应：在一定强度微波场的作用下，食品中的虫类和菌体会因分子极化现象，吸收微波能升温，从而使其蛋白质变性，失去生物活性。微波的热效应主要起快速升温杀菌作用；微波能的非热效应：高频的电场也使其膜电位、极性分子结构发生改变，使微生物体内蛋白质和生理活性物质发生变异，而丧失活力或死亡！

　　此外，其电能到微波能的转换效率在70-80%，相比而言，一般可节电30-50%。表面和内部都同时进行常规热力杀菌是从物料表面开始，然后通过热传导传至内部，存在内外温差！为了保持食品风味，缩短处理时间，往往食品内部没有达到足够温度而影响杀菌效果！由于微波具有穿透作用，对食品进行整体处理时，表面和内部都同时受到作用，所以消毒杀菌均匀！便于控制微波食品杀菌处理，设备能即开即用，没有常规热力杀菌的热惯性，操作灵活方便，微波功率能从零到额定功率连续可调、传输速度从零开始连续调整，便于控制。

　　然而受微波辐射时，由于其穿透性，体内组织也会同时发热，而人体内神经又比较少，所以往往在还未感到灼热时，那些耐热性低的器官已经受到损伤。如血管、眼睛和睾丸易受微波侵害，雷达工作人员常见的病是白内障和男性不育.对微波的使用既要注意安全，但也不需要像对待放射性那样过分紧张！微波杀菌破袋微波杀菌操作过程中，除了注意不能采用金属容器和镀铝或铝复合袋，还存在杀菌过程中密封好的袋子破袋问题，不好解决，亦不好采用杀菌后再封口的做法！